pracownik naukowo-techniczny
Cyfronet, AGH UST Academic Computer Centre ACK-zwe
ORCID: brak
ResearcherID: brak
Scopus: brak
System Informacyjny AGH (SkOs)
A distributed multiscale computation of a tightly coupled model using the Multiscale Modeling Language / Joris Borgdorff, [et al.], Katarzyna RYCERZ, Eryk CIEPIELA, Tomasz GUBAŁA, Daniel HARĘŻLAK, Marian BUBAK, [et al.] // Procedia Computer Science [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1877-0509. — 2012 vol. 9, s. 596–605. — Bibliogr. s. 605, Abstr.. — Proceedings of the International Conference on Computational Science, ICCS 2012
keywords: multi-scale modelling, MML, in stent restenosis, MUSCLE, QCG-Broker, Gridspace, distributed multi-scale computing, multi-scale modelling language
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Katarzyna Rycerz, Tomasz Gubała, Eryk Ciepiela
cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1016/j.procs.2012.04.064
A lightweight method of metadata and data management with DataNet / Daniel HARĘŻLAK, Marek KASZTELNIK, Maciej PAWLIK,Bartosz WILK, Marian BUBAK // W: eScience on distributed computing infrastructure : achievements of PLGrid Plus domain-specific services and tools / eds. Marian Bubak, Jacek Kitowski, Kazimierz Wiatr. — Switzerland : Springer International Publishing, cop. 2014 + CD. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 8500. Information Systems and Applications, incl. Internet/Web, and HCI). — ISBN: 978-3-319-10893-3 ; e-ISBN: 978-3-319-10894-0. — S. 164–177. — Bibliogr. s. 175–177, Abstr.
keywords: data management, metadata recording, storage infrastructures, data sharing, reproducibility, discoverability
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Marek Kasztelnik, Maciej Pawlik, Bartosz Wilk
cyfrowy identyfikator dokumentu:
Centre for new methods in computational diagnostics and personalized therapy / Marian BUBAK, Bartosz BALIŚ, Tomasz BARTYŃSKI, Eryk CIEPIELA, Grzegorz DYK, Tomasz GUBAŁA, Daniel HARĘŻLAK, Marek KASZTELNIK, Joanna KOCOT, Maciej MALAWSKI, Jan MEIZNER, Piotr NOWAKOWSKI, Maciej PAWLIK, Katarzyna RYCERZ, Paweł SUDER, Tomasz SZEPIENIEC, Bartosz WILK // W: CGW Workshop'17 : Kraków, Poland, October 23-25, 2017 : proceedings / eds. Marian Bubak, Michał Turała, Kazimierz Wiatr. — Kraków : Academic Computer Centre CYFRONET AGH, [2017]. — ISBN: 978-83-61433-24-8. — S. 67–68. — Bibliogr. s. 68. — Toż. na: {http://www.eurvalve.eu/wp-content/uploads/2017/11/Cyfronet-%C5%9Brodek_Proceedings.pdf}. — Dod. na stronie konferencji prezentacja {http://www.cyfronet.krakow.pl/cgw17/presentations/S8_5-M-Bubak.pdf}
keywords: personalized medicine, teaming, centre of excellence, computational medicine, business plan, H2020, Polish Smart Specialization Strategy
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Bartosz Baliś, Maciej Malawski, Tomasz Szepieniec, Piotr Nowakowski, Katarzyna Rycerz, Tomasz Gubała, Marek Kasztelnik, Tomasz Bartyński, Eryk Ciepiela, Joanna Kocot, Jan Meizner, Maciej Pawlik, Grzegorz Dyk, Bartosz Wilk, Paweł Suder
Cloud computing infrastructure for the VPH community / Piotr NOWAKOWSKI, Marian BUBAK, Tomasz BARTYŃSKI, Tomasz GUBAŁA, Daniel HARĘŻLAK, Marek KASZTELNIK, Maciej MALAWSKI, Jan MEIZNER // Journal of Computational Science ; ISSN 1877-7503. — 2018 vol. 24, s. 169–179. — Bibliogr. s. 178–179, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2017-06-21. — M. Bubak, M. Malawski – dod. afiliacja: ACC Cyfronet AGH. — tekst: https://www-1sciencedirect-1com-1000027eh02cb.wbg2.bg.agh.edu.pl/science/article/pii/S1877750317307330/pdfft?md5=942e1421b9d5beee97b74563b8470338&pid=1-s2.0-S1877750317307330-main.pdf
keywords: e-science, cloud computing, virtualization, distributed scientific infrastructures
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Maciej Malawski, Piotr Nowakowski, Tomasz Gubała, Marek Kasztelnik, Tomasz Bartyński, Jan Meizner
cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1016/j.jocs.2017.06.012
Composing, execution and sharing of multiscale applications / Katarzyna RYCERZ, Marian BUBAK, Eryk CIEPIELA, Daniel HARĘŻLAK, Tomasz GUBAŁA, Jan MEIZNER, Maciej PAWLIK, Bartosz WILK // Future Generation Computer Systems ; ISSN 0167-739X. — 2015 vol. 53, s. 77–87. — Bibliogr. s. 86–87, Abstr.. — tekst: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167739X15002034/pdfft?md5=82dd29e13baaed7b4ed16284a7913b9a&pid=1-s2.0-S0167739X15002034-main.pdf
keywords: multi-scale modelling, e-infrastructures, tools and environments, multi-scale simulations, distributed multi-scale computing
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Katarzyna Rycerz, Tomasz Gubała, Eryk Ciepiela, Jan Meizner, Maciej Pawlik, Bartosz Wilk
cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1016/j.future.2015.06.002
Computations of protein hydrophobicity profile as virtual experiment in GridSpace virtual laboratory / Eryk CIEPIELA, Tomasz JADCZYK, Daniel HARĘŻLAK, Marek KASZTELNIK, Piotr NOWAKOWSKI, Grzegorz DYK, Maciej MALAWSKI, Marian BUBAK, Irena Roterman // Bio-Algorithms and Med-Systems / Jagiellonian University. Medical College ; ISSN 1895-9091. — 2012 vol. 8 no. 4, s. 361–372. — Bibliogr. s. 371–372, Abstr.
brak zdefiniowanych słów kluczowych
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Maciej Malawski, Piotr Nowakowski, Marek Kasztelnik, Eryk Ciepiela, Tomasz Jadczyk, Grzegorz Dyk
Dedicated IT infrastructure for smart levee monitoring and flood decision support / Bartosz BALIŚ, Tomasz BARTYŃSKI, Robert BRZOZA-WOCH, Marian BUBAK, Daniel HARĘŹLAK, Marek KASZTELNIK, Marek KONIECZNY, Bartosz KWOLEK, Maciej MALAWSKI, Piotr NAWROCKI, Piotr NOWAKOWSKI, Tomasz SZYDŁO, Bartosz WILK, Krzysztof ZIELIŃSKI // E3S Web of Conferences [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 2267-1242. — 2016 vol. 7 art. no. 14008, s. 1–10. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Tryb dostępu: https://goo.gl/bRuafq [2016-12-07]. — Bibliogr. s. 9–10, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2016-10-20. — FLOODrisk 2016 : 3\textsuperscript{rd} European conference on Flood Risk Management : October 17–21, 2016, Lyon, France
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Krzysztof Zieliński, Piotr Nawrocki, Bartosz Baliś, Maciej Malawski, Bartosz Kwolek, Piotr Nowakowski, Tomasz Szydło, Marek Kasztelnik, Tomasz Bartyński, Robert Brzoza-Woch, Bartosz Wilk, Marek Konieczny
cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1051/e3sconf/20160714008
Distributed multiscale computations using the MAPPER framework / Mohamed Ben Belgacem, Bastien Chopard, Joris Borgdorff, Mariusz Mamoński, Katarzyna RYCERZ, Daniel HARĘŻLAK // Procedia Computer Science [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1877-0509. — 2013 vol. 18, s. 1106–1115. — Bibliogr. s. 1114–1115, Abstr.. — ICCS 2013 : International Conference on Computational Science. — tekst: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877050913004195/pdf?md5=c57879f91419e9a7dcbed57542a6a3f0&pid=1-s2.0-S1877050913004195-main.pdf
keywords: Grid, application, distributed, computation, MAPPER framework, multi-scale
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Katarzyna Rycerz
cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1016/j.procs.2013.05.276
Enabling multiscale fusion simulations on distributed computing resources / Katarzyna RYCERZ, Marian BUBAK, Eryk CIEPIELA, Maciej PAWLIK, Olivier Hoenen, Daniel HARĘŻLAK, Bartosz WILK, Tomasz GUBAŁA, Jan MEIZNER, David Coster // W: eScience on distributed computing infrastructure : achievements of PLGrid Plus domain-specific services and tools / eds. Marian Bubak, Jacek Kitowski, Kazimierz Wiatr. — Switzerland : Springer International Publishing, cop. 2014 + CD. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 8500. Information Systems and Applications, incl. Internet/Web, and HCI). — ISBN: 978-3-319-10893-3 ; e-ISBN: 978-3-319-10894-0. — S. 195–210. — Bibliogr. s. 207–210, Abstr.
keywords: distributed computing, fusion, workflow, e-infrastructures, multi-scale, tools and environments, multi-physics
InSilicoLab – managing complexity of chemistry computations / Joanna KOCOT, Tomasz SZEPIENIEC, Daniel HARĘŻLAK, Klemens NOGA, Mariusz STERZEL // W: Building a national distributed e-infrastructure – PL-Grid : scientific and technical achievements / eds. Marian Bubak, Tomasz Szepieniec, Kazimierz Wiatr. — Berlin ; Heidelberg : Springer-Verlag, cop. 2012. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 7136. Information Systems and Applications, incl. Internet/Web, and HCI). — Na okł. dod.: State-of-the-art survey ; Applications, Development and execution tools, VO and security systems, Basic services, Grid resources. — ISBN: 978-3-642-28266-9. — S. 265–275. — Bibliogr. s. 274–275, Abstr.
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Tomasz Szepieniec, Mariusz Sterzel, Joanna Kocot, Klemens Noga
Integrating various grid middleware components and user services into a single platform / Marcin RADECKI, Tadeusz SZYMOCHA, Daniel HARĘŻLAK, Maciej PAWLIK, Jakub ANDRZEJEWSKI, Wojciech ZIAJKA, Marcin SZELC // W: Building a national distributed e-infrastructure – PL-Grid : scientific and technical achievements / eds. Marian Bubak, Tomasz Szepieniec, Kazimierz Wiatr. — Berlin ; Heidelberg : Springer-Verlag, cop. 2012. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 7136. Information Systems and Applications, incl. Internet/Web, and HCI). — Na okł. dod.: State-of-the-art survey ; Applications, Development and execution tools, VO and security systems, Basic services, Grid resources. — ISBN: 978-3-642-28266-9. — S. 15–26. — Bibliogr. s. 25–26, Abstr.
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marcin Radecki, Wojciech Ziajka, Tadeusz Szymocha, Jakub Andrzejewski, Marcin Szelc, Maciej Pawlik
Managing entire lifecycles of e-science applications in the GridSpace2 virtual laboratory – from motivation through idea to operable Web-accessible environment built on top of PL-Grid e-infrastructure / Eryk CIEPIELA, Piotr NOWAKOWSKI, Joanna KOCOT, Daniel HARĘŻLAK, Tomasz GUBAŁA, Jan MEIZNER, Marek KASZTELNIK, Tomasz BARTYŃSKI, Maciej MALAWSKI, Marian BUBAK // W: Building a national distributed e-infrastructure – PL-Grid : scientific and technical achievements / eds. Marian Bubak, Tomasz Szepieniec, Kazimierz Wiatr. — Berlin ; Heidelberg : Springer-Verlag, cop. 2012. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 7136. Information Systems and Applications, incl. Internet/Web, and HCI). — Na okł. dod.: State-of-the-art survey ; Applications, Development and execution tools, VO and security systems, Basic services, Grid resources. — ISBN: 978-3-642-28266-9. — S. 228–239. — Bibliogr. s. 238–239, Abstr.. — T. Gubała, M. Bubak – dod. afiliacja: University of Amsterdam
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Maciej Malawski, Piotr Nowakowski, Tomasz Gubała, Marek Kasztelnik, Tomasz Bartyński, Eryk Ciepiela, Joanna Kocot, Jan Meizner
Scripting language extensions offered by the GridSpace experiment platform / Daniel HARĘŻLAK, Marek KASZTELNIK, Eryk CIEPIELA, Marian BUBAK // W: Building a national distributed e-infrastructure – PL-Grid : scientific and technical achievements / eds. Marian Bubak, Tomasz Szepieniec, Kazimierz Wiatr. — Berlin ; Heidelberg : Springer-Verlag, cop. 2012. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 7136. Information Systems and Applications, incl. Internet/Web, and HCI). — Na okł. dod.: State-of-the-art survey ; Applications, Development and execution tools, VO and security systems, Basic services, Grid resources. — ISBN: 978-3-642-28266-9. — S. 217–227. — Bibliogr. s. 226–227, Abstr.
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Marek Kasztelnik, Eryk Ciepiela
Smart levee monitoring and flood decision support system: reference architecture and urgent computing management / Bartosz BALIŚ, Tomasz BARTYŃSKI, Marian BUBAK, Daniel HARĘŻLAK, Marek KASZTELNIK, Maciej MALAWSKI, Piotr NOWAKOWSKI, Maciej PAWLIK, Bartosz WILK // Procedia Computer Science [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1877-0509. — 2017 vol. 108, s. 2220–2229. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Bibliogr. s. 2228–2229, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2017-06-09. — ICCS 2017 : International Conference on Computational Science : 12–14 June 2017, Zurich, Switzerland. — tekst: https://goo.gl/a5dXx1
keywords: urgent computing, flood decision support, smart levee monitoring, reference architecture
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Bartosz Baliś, Maciej Malawski, Piotr Nowakowski, Marek Kasztelnik, Tomasz Bartyński, Maciej Pawlik, Bartosz Wilk
cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1016/j.procs.2017.05.192
Support for multiscale simulations with molecular dynamics / Katarzyna RYCERZ, Eryk CIEPIELA, Grzegorz DYK, Derek Groen, Tomasz GUBAŁA, Daniel HARĘŻLAK, Maciej PAWLIK, [et al.], Marian BUBAK // Procedia Computer Science [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1877-0509. — 2013 vol. 18, s. 1116–1125. — Bibliogr. s. 1124–1125, Abstr.. — ICCS 2013 : International Conference on Computational Science. — tekst: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877050913004201/pdf?md5=01a4f0da6bcad6218dec757c80024bb6&pid=1-s2.0-S1877050913004201-main.pdf
keywords: e-infrastructures, tools, distributed multi-scale simulations
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Katarzyna Rycerz, Tomasz Gubała, Eryk Ciepiela, Maciej Pawlik, Grzegorz Dyk
cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1016/j.procs.2013.05.277
The collage authoring environment: from proof-of-concept prototype to pilot service / Eryk CIEPIELA, Daniel HARĘŻLAK, Marek KASZTELNIK, Jan MEIZNER, Grzegorz DYK, Piotr NOWAKOWSKI, Marian BUBAK // Procedia Computer Science [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1877-0509. — 2013 vol. 18, s. 769–778. — Bibliogr. s. 778, Abstr.. — M. Bubak – dod. afiliacja: University of Amsterdam. — ICCS 2013 : 13\textsuperscript{th} annual International Conference on Computational Science : 5th–7th June 2013, Barcelona, Spain. — tekst: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877050913003840/pdf?md5=4896b2fbe119c01a65840334c4d5faf3&pid=1-s2.0-S1877050913003840-main.pdf
keywords: open science, scientific publishing, executable scientific publications, reproducible science
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Piotr Nowakowski, Marek Kasztelnik, Eryk Ciepiela, Jan Meizner, Grzegorz Dyk
cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1016/j.procs.2013.05.241
The Collage Authoring Environment / Piotr NOWAKOWSKI, Eryk CIEPIELA, Daniel HARĘŻLAK, Joanna KOCOT, Marek KASZTELNIK, Tomasz BARTYŃSKI, Jan MEIZNER, Grzegorz Dyk, Maciej MALAWSKI // Procedia Computer Science [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1877-0509. — 2011 vol. 4 spec. iss., s. 608–617. — Bibliogr. s. 617, Abstr.. — Dod. afiliacja M. Malawski: Center for Research Computing, University of Notre Dame, USA. — W spisie treści informacja: Original Research Article. — ICCS 2011 : proceedings of the International Conference on Computational Science : Singapore, Japan, June 1–3, 2011
keywords: high performance computing, scientific publishing, executable paper, e-Science
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Maciej Malawski, Piotr Nowakowski, Marek Kasztelnik, Tomasz Bartyński, Eryk Ciepiela, Joanna Kocot, Jan Meizner
cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1016/j.procs.2011.04.064
Towards an operational database for real-time environmental monitoring and early warning systems / Bartosz BALIŚ, Marian BUBAK, Daniel HARĘŻLAK, Piotr NOWAKOWSKI, Maciej PAWLIK, Bartosz WILK // Procedia Computer Science [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1877-0509. — 2017 vol. 108, s. 2250–2259. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Bibliogr. s. 2259, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2017-06-09. — ICCS 2017 : International Conference on Computational Science : 12–14 June 2017, Zurich, Switzerland. — tekst: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877050917307846/pdf?md5=b9b8df45fb907680c241be0e26fbd30b&pid=1-s2.0-S1877050917307846-main.pdf
keywords: environmental monitoring, smart levee monitoring, time series data, operational database
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Bartosz Baliś, Piotr Nowakowski, Maciej Pawlik, Bartosz Wilk
cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1016/j.procs.2017.05.193
Towards provisioning of reproducible, reviewable and reusable in-silico experiments with the GridSpace2 platform / Eryk CIEPIELA, Bartosz WILK, Daniel HARĘŻLAK, Marek KASZTELNIK, Maciej PAWLIK, Marian BUBAK // W: eScience on distributed computing infrastructure : achievements of PLGrid Plus domain-specific services and tools / eds. Marian Bubak, Jacek Kitowski, Kazimierz Wiatr. — Switzerland : Springer International Publishing, cop. 2014 + CD. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 8500. Information Systems and Applications, incl. Internet/Web, and HCI). — ISBN: 978-3-319-10893-3 ; e-ISBN: 978-3-319-10894-0. — S. 118–129. — Bibliogr. s. 127–129, Abstr.. — M. Bubak – dod. afiliacja: University of Amsterdam
keywords: e-science, distributed computing, problem solving environments, in silico experiments, reproducibility
Zobacz pełny wykaz publikacji Autora/Autorów: Marian Bubak, Marek Kasztelnik, Eryk Ciepiela, Maciej Pawlik, Bartosz Wilk