Wykaz publikacji wybranego autora

Patryk Orzechowski, dr inż.

adiunkt

Wydział Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej
WEAIiIB-kair, Katedra Automatyki i Robotyki

[dyscyplina wiodąca] dziedzina nauk inżynieryjno-technicznych / informatyka techniczna i telekomunikacja

[dyscyplina dodatkowa] dziedzina nauk inżynieryjno-technicznych / inżynieria biomedyczna (25%)


[poprzednia klasyfikacja] obszar nauk technicznych / dziedzina nauk technicznych / informatyka


Identyfikatory Autora Informacje o Autorze w systemach zewnętrznych

ORCID: 0000-0003-3578-9809

ResearcherID: brak

Scopus: 55860145600

PBN: 909777

OPI Nauka Polska

System Informacyjny AGH (SkOs)


Opisy publikacji wcześniejszych zobacz: bpp.agh.edu.pl/old.



1
  • Considerations for automated machine learning in clinical metabolic profiling: Altered homocysteine plasma concentration associated with metformin exposure / Alena Orlenko, Jason H. Moore, Patryk ORZECHOWSKI, Randal S. Olson, Junmei Cairns, Pedro J. Caraballo, Richard M. Weinshilboum, Liewei Wang, Matthew K. Breitenstein // W: Pacific Symposium on Biocomputing 2018 [Dokument elektroniczny] : 3–7 January 2018, Kohala Coast, USA / eds. Russ B. Altman, [et al.]. — Wersja do Windows. — Dane tekstowe. — Singapore : World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd., [2018]. — (Pacific symposium on biocomputing...(Online) ; ISSN 2335-6936). — e-ISBN: 978-981-3235-53-3. — S. 460–471. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Bibliogr. s. 471. — Patryk Orzechowski – dod. afiliacja: University of Pennsylvania. — tekst: https://www.worldscientific.com/doi/pdf/10.1142/9789813235533_0042

  • keywords: metabolomics, homocysteine, clinical metabolic profiling, automated machine learning, confounding, pharmacometabolomics, biobank, precision medicine, metformin

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1142/9789813235533_0042

2
  • EBIC: an evolutionary-based parallel biclustering algorithm for pattern discovery / Patryk ORZECHOWSKI, Moshe Sipper, Xiuzhen Huang, Jason H. Moore // Bioinformatics ; ISSN 1367-4803. — 2018 vol. 34 iss. 21, s. 3719–3726. — Bibliogr. s. 3726, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2018-05-22. — P. Orzechowski - pierwsza afiliacja: University of Pennsylvania, USA

  • brak zdefiniowanych słów kluczowych

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1093/bioinformatics/bty401

3
  • EBIC: an open source software for high-dimensional and big data analyses / Patryk ORZECHOWSKI, Jason H. Moore // Bioinformatics ; ISSN 1367-4803. — 2019 vol. 35 iss. 17, s. 3181–3183. — Bibliogr. s. 3183, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2019-01-14. — P. Orzechowski – dod. afiliacja: University of Pennsylvania, United States

  • brak zdefiniowanych słów kluczowych

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1093/bioinformatics/btz027

4
  • EBIC: a scalable biclustering method for large scale data analysis / Patryk ORZECHOWSKI, Jason H. Moore // W: GECCO 2019 [Dokument elektroniczny] : the Genetic and Evolutionary Computation Conference : a recombination of the 28th International Conference on Genetic Algorithms (ICGA) and the 24rd Annual Genetic Programming Conference (GP) : July 13th–17th 2019, Prague, Czech Republic. — Wersja do Windows. — Dane tekstowe. — USA : ACM, cop. 2019. — e-ISBN: 978-1-4503-6748-6. — S. 31–32. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Tryb dostępu: https://dl.acm.org/ft_gateway.cfm?id=3326762&ftid=2071089&dwn=1&CFID=159232094&CFTOKEN=31a5d05962667e84-AB0E577E-F6FB-4DE0-0CE2E4AC5C75B130 [2019-09-18]. — Bibliogr. s. 32, Abstr.. — P. Orzechowski – dod. afiliacja: University of Pennsylvania

  • keywords: evolutionary computation, biclustering, data mining, genetic programming, unsupervised machine learning

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1145/3319619.3326762

5
  • Hybrid biclustering algorithms for data mining / Patryk ORZECHOWSKI, Krzysztof BORYCZKO // W: Applications of evolutionary computation : 19th European Conference, EvoApplications 2016 : Porto, Portugal, March 30– April 1, 2016 : proceedings, Pt. 1 / eds. Giovanni Squillero, Paolo Burelli. — Switzerland : Springer International Publishing, 2016. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 9597). — ISBN: 978-3-319-31203-3 ; e-ISBN: 978-3-319-31204-0. — S. 156–168. — Bibliogr. s. 166–168, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2016-03-15

  • keywords: data mining, microarray analysis, gene expression data, biclustering techniques

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1007/978-3-319-31204-0_11

6
  • Mapping patient trajectories using longitudinal extraction and deep learning in the MIMIC-III critical care database / Brett K. Beaulieu-Jones, Patryk ORZECHOWSKI, Jason H. Moore // W: Pacific Symposium on Biocomputing 2018 [Dokument elektroniczny] : 3–7 January 2018, Kohala Coast, USA / eds. Russ B. Altman, [et al.]. — Wersja do Windows. — Dane tekstowe. — Singapore : World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd., [2018]. — (Pacific symposium on biocomputing...(Online) ; ISSN 2335-6936). — e-ISBN: 978-981-3235-53-3. — S. 123–132. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Bibliogr. s. 131–132. — Patryk Orzechowski – dod. afiliacja: Perelman School of Medicine. — tekst: https://www.worldscientific.com/doi/pdf/10.1142/9789813235533_0012

  • keywords: deep learning, electronic health records, patient trajectories, longitudinal, unsupervised, autoencoders, long short term memory networks

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1142/9789813235533_0012

7
  • Mining a massive RNA-seq dataset with biclustering: are evolutionary approaches ready for big data? / Patryk ORZECHOWSKI, Jason H. Moore // W: GECCO 2019 [Dokument elektroniczny] : the Genetic and Evolutionary Computation Conference : a recombination of the 28th International Conference on Genetic Algorithms (ICGA) and the 24rd Annual Genetic Programming Conference (GP) : July 13th–17th 2019, Prague, Czech Republic. — Wersja do Windows. — Dane tekstowe. — USA : ACM, cop. 2019. — e-ISBN: 978-1-4503-6748-6. — S. 304–305. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Tryb dostępu: https://dl.acm.org/ft_gateway.cfm?id=3321916&ftid=2071065&dwn=1&CFID=159222870&CFTOKEN=17d434429a76e8de-A9BAA9D5-9D0C-E8B3-ADB384BB42F57014 [2019-09-18]. — Bibliogr. s. 305, Abstr.. — P. Orzechowski – dod. afilicja: University of Pennsylvania

  • keywords: evolutionary computation, big data, biclustering, data mining

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1145/3319619.3321916

8
  • Parallel approach for visual clustering of protein databases / Patryk ORZECHOWSKI, Krzysztof BORYCZKO // Computing and Informatics / Slovak Academy of Sciences. Institute of Informatics ; ISSN 1335-9150. — Tytuł poprz.: Computers and Artificial Intelligence. — 2010 vol. 29, s. 1221–1231. — Bibliogr. s. 1229–1231, Abstr.

  • keywords: clustering algorithms, proteins, sequence alignment, ltidimensional scaling

    cyfrowy identyfikator dokumentu:

9
  • PMLB: a large benchmark suite for machine learning evaluation and comparison / Randal S. Olson, William La Cava, Patryk ORZECHOWSKI, Ryan J. Urbanowicz, Jason H. Moore // BioData Mining [Dokument elektroniczny]. - Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1756-0381. — 2017 vol. 10 iss. 1 art. no. 36, s. 1–13. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Bibliogr. s. 12–13, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2017-12-11. — P. Orzechowski – dod. afiliacja: University of Pennsylvania. — tekst: https://biodatamining.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13040-017-0154-4

  • keywords: machine learning, benchmarking, model evaluation, data repository

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1186/s13040-017-0154-4

10
  • Propagation-based biclustering algorithm for extracting inclusion-maximal motifs / Patryk ORZECHOWSKI, Krzysztof BORYCZKO // Computing and Informatics / Slovak Academy of Sciences. Institute of Informatics ; ISSN 1335-9150. — Tytuł poprz.: Computers and Artificial Intelligence. — 2016 vol. 35 no. 2, s. 391–410. — Bibliogr. s. 408–410, Abstr.

  • keywords: biclustering, microarray gene expression data, data mining, bioinformatics, pattern matching, conserved gene expression motifs

    cyfrowy identyfikator dokumentu:

11
  • Proximity measures and results validation in biclustering – a survey / Patryk ORZECHOWSKI // W: Artificial Intelligence and Soft Computing : 12th International Conference, ICAISC 2013 : Zakopane, Poland, June 9–13, 2013 : proceedings, Pt. 2 / eds. Leszek Rutkowski [et al.]. — Berlin ; Heidelberg : Springer-Verlag, cop. 2013. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; 7895. Lecture Notes in Artificial Intelligence). — ISBN: 978-3-642-38609-1 ; e-ISBN: 978-3-642-38610-7. — S. 206–217. — Bibliogr. S. 214–217, Abstr.

  • keywords: biclustering, co-clustering, shifting and scaling patterns, pattern similarity, proximity measures, results validation, microarray gene expression data, state-of-the-art, survey

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1007/978-3-642-38610-7_20

12
  • Retrieving impressions from semantic memory modeled with associative pulsing neural networks / Patryk ORZECHOWSKI, Adrian HORZYK, Janusz A. Starzyk, Jason H. Moore // W: IEEE SSCI 2018 [Dokument elektroniczny] : proceedings of the 2018 IEEE Symposium Series on Computational Intelligence : 18–21 November 2018, Bengaluru, India / ed. Suresh Sundaram. — Wersja do Windows. — Dane tekstowe. — [Piscataway] : IEEE, cop. 2018. — 1 dysk Flash. — Dod. ISBN 978-1-5386-9276-9. — e-ISBN: 978-1-5386-9275-2. — S. 2060–2067. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Bibliogr. s. 2067, Abstr.. — P. Orzechowski - pierwsza afiliacja: University of Pennsylvania, USA

  • keywords: text mining, natural language processing, information retrieval, topic modeling, spiking neurons, bag of words

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1109/SSCI.2018.8628780

13
  • runibic: a bioconductor package for parallel row-based biclustering of gene expression data / Patryk ORZECHOWSKI, Artur PAŃSZCZYK, Xiuzhen Huang, Jason H. Moore // Bioinformatics ; ISSN 1367-4803. — 2018 vol. 34 iss. 24, s. 4302–4304. — Bibliogr. s. 4304, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2018-06-23. — P. Orzechowski – dod. afiliacja: University of Pennsylvania

  • brak zdefiniowanych słów kluczowych

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1093/bioinformatics/bty512

14
  • Scalable biclustering – the future of big data exploration? / Patryk ORZECHOWSKI, Krzysztof BORYCZKO, Jason H. Moore // GigaScience [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 2047-217X. — 2019 vol. 8 iss. 7 art. no. giz078, s. 1–4. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Bibliogr. s. 4, Abstr.. — P. Orzechowski – dod. afiliacja: University of Pennsylvania. — tekst: https://academic.oup.com/gigascience/article-pdf/8/7/giz078/28880874/giz078.pdf

  • keywords: big data, biclustering, co-clustering, data mining, parallel algorithms, precision medicine, disease subtype identification, biomarker detection, gene-drug interaction

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1093/gigascience/giz078

15
  • Strategies for improving performance of evolutionary biclustering algorithm EBIC / Patryk ORZECHOWSKI, Jason H. Moore // W: GECCO 2019 [Dokument elektroniczny] : the Genetic and Evolutionary Computation Conference : a recombination of the 28th International Conference on Genetic Algorithms (ICGA) and the 24rd Annual Genetic Programming Conference (GP) : July 13th–17th 2019, Prague, Czech Republic. — Wersja do Windows. — Dane tekstowe. — USA : ACM, cop. 2019. — e-ISBN: 978-1-4503-6748-6. — S. 185–186. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Tryb dostępu: https://dl.acm.org/ft_gateway.cfm?id=3322046&ftid=2070965&dwn=1&CFID=159230098&CFTOKEN=dbf964c3ffd6b638-AABADDC5-D174-109B-686E8A02C17FE15E [2019-09-18]. — Bibliogr. s. 186, Abstr.. — P. Orzechowski – dod. afiliacja: University of Pennsylvania

  • keywords: evolutionary computation, machine learning, biclustering, data mining

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1145/3319619.3322046

16
  • Text mining with hybrid biclustering algorithms / Patryk ORZECHOWSKI, Krzysztof BORYCZKO // W: Artificial intelligence and soft computing : 15th international conference, ICAISC 2016 : Zakopane, Poland, June 12–16, 2016 : proceedings, Pt. 2 / eds. Leszek Rutkowski, [et al.]. — Switzerland : Springer International Publishing, cop. 2016. — (Lecture Notes in Artificial Intelligence ; ISSN 0302-9743 ; 9693). — ISBN: 978-3-319-39383-4 ; e-ISBN: 978-3-319-39384-1. — S. 102–113. — Bibliogr. s. 111–113, Abstr.. — Toż na Dysku Flash

  • brak zdefiniowanych słów kluczowych

    cyfrowy identyfikator dokumentu: 10.1007/978-3-319-39384-1_9