A development and execution environment for early warning systems for natural disasters / Bartosz BALIŚ, Tomasz BARTYŃSKI, Marian BUBAK, Grzegorz DYK, Tomasz GUBAŁA, Marek KASZTELNIK // W: CCGrid 2013 [Dokument elektroniczny] : 13th IEEE/ACM international symposium on Cluster, cloud, and grid computing : 13–16 May 2013, Delft : proceedings / eds. Pavan Balaji, Dick Epema, Thomas Fahringer. — Wersja do Windows. — Dane tekstowe. — [Los Alamitos] : IEEE, cop. 2013. — ISBN: 978-0-7695-4996-5. — S. 575–582. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Bibliogr. s. 582, Abstr.. — tekst: http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=6546141

A distributed multiscale computation of a tightly coupled model using the Multiscale Modeling Language / Joris Borgdorff, [et al.], Katarzyna RYCERZ, Eryk CIEPIELA, Tomasz GUBAŁA, Daniel HARĘŻLAK, Marian BUBAK, [et al.] // Procedia Computer Science [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1877-0509. — 2012 vol. 9, s. 596–605. — Bibliogr. s. 605, Abstr.. — Proceedings of the International Conference on Computational Science, ICCS 2012

Appea : a platform for development and execution of Grid applications / Marian BUBAK, Daniel Harężlak, Piotr NOWAKOWSKI, Tomasz GUBAŁA, Maciej MALAWSKI // W: Expanding the knowledge economy : issues, applications, case studies, Pt. 1 / eds. Paul Cunningham, Miriam Cunningham. — Amsterdam, [etc.] : IOS Press, cop. 2007. — (Information and Communication Technologies and the Knowledge Economy ; ISSN 1574-1230 ; vol. 4). — ISBN: 978-1-58603-801-4. — S. 123–130. — Bibliogr. s. 130, Abstr.

Building collaborative applications for system-level science / Marian BUBAK, Tomasz GUBAŁA, Marek KASZTELNIK, Maciej MALAWSKI // W: High speed and large scale scientific computing / eds. Wolfgang Gentzsch, Lucio Grandinetti, Gerhard Joubert. — Amsterdam : IOS Press, cop. 2009. — (Advances in Parallel Computing ; ISSN 0927-5452 ; vol. 18). — ISBN: 978-1-60750-073-5. — S. 299–310. — Bibliogr. s. 309–310, Abstr.. — M. Bubak – dod. afiliacja: Informatics Institute, University of Amsterdam

Cloud computing infrastructure for the VPH community / Piotr NOWAKOWSKI, Marian BUBAK, Tomasz BARTYŃSKI, Tomasz GUBAŁA, Daniel HARĘŻLAK, Marek KASZTELNIK, Maciej MALAWSKI, Jan MEIZNER // Journal of Computational Science ; ISSN 1877-7503. — 2018 vol. 24, s. 169–179. — Bibliogr. s. 178–179, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2017-06-21. — M. Bubak, M. Malawski – dod. afiliacja: ACC Cyfronet AGH. — tekst: https://www-1sciencedirect-1com-1000027eh02cb.wbg2.bg.agh.edu.pl/science/article/pii/S1877750317307330/pdfft?md5=942e1421b9d5beee97b74563b8470338&pid=1-s2.0-S1877750317307330-main.pdf

Collaborative virtual laboratory for e-health / Marian BUBAK, Tomasz GUBAŁA, Marek KASZTELNIK, Maciej MALAWSKI, Piotr NOWAKOWSKI, Peter M. A. Sloot // W: Expanding the knowledge economy : issues, applications, case studies, Pt. 1 / eds. Paul Cunningham, Miriam Cunningham. — Amsterdam, [etc.] : IOS Press, cop. 2007. — (Information and Communication Technologies and the Knowledge Economy ; ISSN 1574-1230 ; vol. 4). — ISBN: 978-1-58603-801-4. — S. 537–544. — Bibliogr. s. 544, Abstr.

Component-based approach for programming and running scientific applications on grids and clouds / Maciej MALAWSKI, Tomasz GUBAŁA, Marian BUBAK // The International Journal of High Performance Computing Applications ; ISSN 1094-3420. — 2012 vol. 26 iss. 3, s. 275–295. — Bibliogr. s. 292–295, Abstr.. — M. Malawski dod. afiliacja: Center for Research Computing, University of Notre Dame, USA ; T. Gubała, M. Bubak dod. afiliacja: Informatics Institute, Universiteit van Amsterdam, The Netherlands

Composing, execution and sharing of multiscale applications / Katarzyna RYCERZ, Marian BUBAK, Eryk CIEPIELA, Daniel HARĘŻLAK, Tomasz GUBAŁA, Jan MEIZNER, Maciej PAWLIK, Bartosz WILK // Future Generation Computer Systems ; ISSN 0167-739X. — 2015 vol. 53, s. 77–87. — Bibliogr. s. 86–87, Abstr.. — tekst: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167739X15002034/pdfft?md5=82dd29e13baaed7b4ed16284a7913b9a&pid=1-s2.0-S0167739X15002034-main.pdf

Enabling multiscale fusion simulations on distributed computing resources / Katarzyna RYCERZ, Marian BUBAK, Eryk CIEPIELA, Maciej PAWLIK, Olivier Hoenen, Daniel HARĘŻLAK, Bartosz WILK, Tomasz GUBAŁA, Jan MEIZNER, David Coster // W: eScience on distributed computing infrastructure : achievements of PLGrid Plus domain-specific services and tools / eds. Marian Bubak, Jacek Kitowski, Kazimierz Wiatr. — Switzerland : Springer International Publishing, cop. 2014 + CD. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 8500. Information Systems and Applications, incl. Internet/Web, and HCI). — ISBN: 978-3-319-10893-3 ; e-ISBN: 978-3-319-10894-0. — S. 195–210. — Bibliogr. s. 207–210, Abstr.

Fault tolerant Grid registery / Marek KASZTELNIK, Marian BUBAK, Cezary Górka, Maciej MALAWSKI, Tomasz GUBAŁA // W: Distributed and parallel systems : from cluster to Grid computing / eds. Péter Kacsuk, Thomas Fahringer, Zsolt Németh. — New York : Springer Science+Business Media, LLC, cop. 2007. — W bazie Web of Science jako materiał konferencyjny: 6th Austrian-Hungarian Workshop on Distributed and Parallel Systems : Innsbruck, Austria, 21–23 September 2006. — ISBN: 978-0-387-69857-1 ; ISBN10: 0-387-69857-4. — S. 135–144. — Bibliogr. s. 144, Abstr.

GridSpace – semantic programming environment for the Grid / Tomasz GUBAŁA, Marian BUBAK // W: Parallel Processing and Applied Mathematics : 6th international conference, PPAM 2005 : Poznań, Poland, September 11–14, 2005 : revised selected papers / eds. Roman Wyrzykowski [et al.]. — Berlin ; Heidelberg : Springer-Verlag, 2006. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; 3911). — ISBN: 978-3-540-34141-3 ; ISBN10: 3-540-34141-2 ; e-ISBN: 978-3-540-34142-0. — S. 172–179. — Bibliogr. s. 178–179, Abstr.

High-level scripting approach for building componet-based applications on the Grid / Maciej MALAWSKI, Tomasz GUBAŁA, Marek KASZTELNIK, Tomasz Bartyński, Marian BUBAK // W: Making Grids Work : proceedings of the CoreGRID workshop on Programming models Grid and P2P system architecture Grid systems, tools and environments : 12–13 June 2007, Heraklion, Crete, Greece / eds. Marco Danelutto, Paraskevi Fragopoulou, Vladimir Getov. — New York : Springer Science+Business Media, cop. 2008. — ISBN: 978-0-387-78447-2. — S. 309–321. — Bibliogr. s. 319–321, Abstr.

Managing entire lifecycles of e-science applications in the GridSpace2 virtual laboratory – from motivation through idea to operable Web-accessible environment built on top of PL-Grid e-infrastructure / Eryk CIEPIELA, Piotr NOWAKOWSKI, Joanna KOCOT, Daniel HARĘŻLAK, Tomasz GUBAŁA, Jan MEIZNER, Marek KASZTELNIK, Tomasz BARTYŃSKI, Maciej MALAWSKI, Marian BUBAK // W: Building a national distributed e-infrastructure – PL-Grid : scientific and technical achievements / eds. Marian Bubak, Tomasz Szepieniec, Kazimierz Wiatr. — Berlin ; Heidelberg : Springer-Verlag, cop. 2012. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 7136. Information Systems and Applications, incl. Internet/Web, and HCI). — Na okł. dod.: State-of-the-art survey ; Applications, Development and execution tools, VO and security systems, Basic services, Grid resources. — ISBN: 978-3-642-28266-9. — S. 228–239. — Bibliogr. s. 238–239, Abstr.. — T. Gubała, M. Bubak – dod. afiliacja: University of Amsterdam

PRIMAGE project: predictive \emph{in silico} multiscale analytics to support childhood cancer personalised evaluation empowered by imaging biomarkers / Luis Martí-Bonmatí, [et al.], Marian BUBAK, [et al.], Tomasz GUBAŁA, Marek KASZTELNIK, Jan MEIZNER, Piotr NOWAKOWSKI, [et al.] // European Radiology Experimental [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 2509-9280. — 2020 vol. 4 iss. 1 art. no. 22, s. 1–11. — Wymagania systemowe: Adobe Reader. — Bibliogr. s. 10–11, Abstr.. — Publikacja dostępna online od: 2020-04-03. — tekst: https://eurradiolexp.springeropen.com/track/pdf/10.1186/s41747-020-00150-9

Semantic composition of scientific workflows based on the Petri nets formalism / Tomasz GUBAŁA, Daniel Herężlak, Marian BUBAK, Maciej MALAWSKI // W: e-Science 2006 [Dokument elektroniczny] : second IEEE international conference on e-Science and Grid computing : 4–6 December 2006, Amsterdam, Netherlands / eds.: P. M. A. Sloot [et al.] ; ed. CD-ROM: Patrick Kellenberger ; Universitet van Amsterdam, TCSC IEEE, Computer Society IEEE. — Wersja do Windows. — Dane tekstowe. — [Amsterdam, Netherlands] : The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc., 2006. — 1 dysk optyczny. — Opis częśc. wg obwoluty. — S. 1–8. — Wymagania systemowe: Adobe Acrobat Reader ; napęd CD-ROM. — Bibliogr. s. 8, Abstr.. — Tyt. przejęto z ekranu tytułowego

Semantic integration for model-based life science applications / Tomasz GUBAŁA, Katarzyna Prymula, Piotr NOWAKOWSKI, Marian BUBAK // W: SIMULTECH 2013 : 3rd international conference on Simulation and modeling methodologies, Technologies and applications : Reykjavík, 29–31 July, 2013 : final program and book of abstracts. — [Iceland] : SCITEPRESS – Science and Technology Publications, cop. 2013. — ISBN: 978-989856569-3. — S. 20. — Pełny tekst W: ICETE 2013 ; DATA 2013 ; ICINCO 2013 ; SIMULTECH 2013 ; ICSOFT 2013 [Dokument elektroniczny] : 10\textsuperscript {th} International joint Conference on E-business and Telecommunications ; 2\textsuperscript {nd} International conference on Data management technologies and applications ; 10\textsuperscript {th} International Conference on Informatics in Control, automation and robotics ; 3\textsuperscript {rd} International conference on Simulation and modeling methodologies, Technologies and applications ; 8\textsuperscript {th} International joint Conference on Software technologies : proceedings. — Wersja do Windows. — Dane tekstowe. — [Iceland : s. n., 2013]. — 1 dysk optyczny. — S. 74–81. — Wymagania systemowe: Adobe Reader ; napęd CD-ROM. — Bibliogr. s. 80–81, Abstr. — Tekst w części: SIMULTECH. — T. Gubała, M. Bubak – dod. afiliacja: University of Amsterdam

Semantic integration for research environments / Tomasz GUBAŁA, Marian BUBAK, Peter M. A. Sloot // W: Handbook of research on computational grid technologies for life sciences, biomedicine, and healthcare, Vol. 1 / ed. Mario Cannataro. — [Hershey] : Medical Information Science Reference, cop. 2009. — ISBN: 978-1-60566-374-6. — S. 514–530

Semantic-based Grid workflow composition / Tomasz GUBAŁA, Marian BUBAK, Maciej MALAWSKI, Katarzyna RYCERZ // W: Parallel Processing and Applied Mathematics : 6th international conference, PPAM 2005 : Poznań, Poland, September 11–14, 2005 : revised selected papers / eds. Roman Wyrzykowski [et al.]. — Berlin ; Heidelberg : Springer-Verlag, 2006. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; 3911). — ISBN: 978-3-540-34141-3 ; ISBN10: 3-540-34141-2 ; e-ISBN: 978-3-540-34142-0. — S. 651–658. — Bibliogr. s. 658, Abstr.

Support for multiscale simulations with molecular dynamics / Katarzyna RYCERZ, Eryk CIEPIELA, Grzegorz DYK, Derek Groen, Tomasz GUBAŁA, Daniel HARĘŻLAK, Maciej PAWLIK, [et al.], Marian BUBAK // Procedia Computer Science [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1877-0509. — 2013 vol. 18, s. 1116–1125. — Bibliogr. s. 1124–1125, Abstr.. — ICCS 2013 : International Conference on Computational Science. — tekst: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877050913004201/pdf?md5=01a4f0da6bcad6218dec757c80024bb6&pid=1-s2.0-S1877050913004201-main.pdf

The UrbanFlood Common Information Space for early warning systems / Bartosz BALIŚ, Marek KASZTELNIK, Marian BUBAK, Tomasz BARTYŃSKI, Tomasz GUBAŁA, Piotr NOWAKOWSKI, Jeroen Broekhuijsen // Procedia Computer Science [Dokument elektroniczny]. — Czasopismo elektroniczne ; ISSN 1877-0509. — 2011 vol. 4 spec. iss., s. 96–105. — Bibliogr. s. 105, Abstr.. — ICCS 2011 : International Conference on Computational Science : [Singapore, 1–3 June 2011]

Towards a system-level science support / Tomasz GUBAŁA, Marek KASZTELNIK, Maciej MALAWSKI, Marian BUBAK // W: Computational Science – ICCS 2008 : 8th International Conference : Kraków, Poland, June 23–25, 2008 : proceedings, Pt. 1 / eds. Marian Bubak, Geert Dick van Albada, Jack Dongarra, Peter M. A. Sloot. — Berlin ; Heidelberg : Springer-Verlag, cop. 2008 + CD-ROM. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 5101. Theoretical Computer Science and General Issues ; ISSN 2512-2010). — Dołączony CD-ROM zawiera pełne teksty referatów z pt. 1, pt. 2, pt. 3. — ISBN: 978-3-540-69383-3 ; ISBN10: 3-540-69383-1 ; e-ISBN: 978-3-540-69384-0. — S. 56–65. — Bibliogr. s. 64–65, Abstr.

Universal Grid client: Grid Operation Invoker / Tomasz Bartyński, Maciej MALAWSKI, Tomasz GUBAŁA, Marian BUBAK // W: Parallel Processing and Applied Mathematics : 7th international conference, PPAM 2007 : Gdańsk, Poland, September 9–12, 2007 : revised selected papers / eds. Roman Wyrzykowski, [et al.]. — Berlin ; Heidelberg : Springer-Verlag, cop. 2008. — (Lecture Notes in Computer Science ; ISSN 0302-9743 ; LNCS 4967. Theoretical Computer Science and General Issues ; ISSN 2512-2010). — ISBN: 978-3-540-68105-2 ; ISBN10: 3-540-68105-1 ; e-ISBN: 978-3-540-68111-3. — S. 1068–1077. — Bibliogr. s. 1076–1077, Abstr.

Virtual laboratory for collaborative applications / Marian BUBAK, Maciej MALAWSKI, Tomasz GUBAŁA, Marek KASZTELNIK, Piotr NOWAKOWSKI, Daniel Harezlak, Tomasz Bartynski, Joanna KOCOT, Eryk CIEPIELA, Włodzimierz FUNIKA, Dariusz Krol, Bartosz BALIŚ, Matthias Assel, Alfredo Tirado-Ramos // W: Handbook of research on computational grid technologies for life sciences, biomedicine, and healthcare, Vol. 1 / ed. Mario Cannataro. — [Hershey] : Medical Information Science Reference, cop. 2009. — ISBN: 978-1-60566-374-6. — S. 531–551

Virtual laboratory for development and execution of biomedical collaborative applications / BUBAK M., GUBAŁA T., MALAWSKI M., BALIŚ B., FUNIKA W., BARTYŃSKI T., CIEPIELA E., KASZTELNIK M., KOCOT J., Król D., NOWAKOWSKI P., PELCZAR M., Wach J., Assel M. // W: IEEE CBMS 2008 : the 21st IEEE international symposium on Computer-Based Medical Systems : June 17–19 2008, Jyväskylä, Finland. — [Finland : s. n.], [2008]. — (Proceedings (IEEE International Symposium on Computer-Based Medical Systems) ; ISSN 2372-918X). — ISBN: 978-0-7695-3165-6. — S. 373–378